Está considerado como el padre de los historiadores profesionales de la ciencia. Su peculiar manera de entender la disciplina influyó directamente sobre aquellos especialistas, ante todo anglosajones, que se iniciaron en el campo allá por los años 40, pero fue su concentración en el mundo intelectual de los autores del pasado, entendidos como peldaños insustituibles del ascenso positivista hacia la perfección actual, lo que le llevó a varias de sus mejores intuiciones.
Resultado de esta actitud general fueron características como el holismo de las ideas o la discontinuidad de los sistemas de pensamiento, pero también ciertas concepciones metafísicas acerca del camino de la mente hacia la verdad o cerca de la independencia del mundo de las ideas frente a los hechos naturales y sociales. No es extraño, pues, que Koyré acabara convirtiéndose en la referencia inexcusable no sólo de los que creen que los marcos conceptuales se transforman a través de contrastaciones empíricas, sino también de aquellos que hacen depender esas mutaciones de una negociación social que convierte las dificultades en refutaciones.
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